依据《中华人民共和业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》有关规定，对附和“
高新技术企业认定管理方法”认定条件的高新技术企业，可依照企业所得税法的规定，自2008年起申请享受税收优惠政策。高新技术企业优惠政策实施时间不长，优惠政策的审批需要多部门联合实施，一些问题和税收风险也逐步在税收管理过程中出现。
审批程序不严谨，产生税务风险
按照《 高新技术企业认定管理方法》（国科发火〔2008〕172号）对高新技术企业的审批程序的规定：企业按照认定管理方规定定向高新认定组织提出认定申请，由高新认定领导小组认定高新企业资格，企业获取资格认定后，到主管税务机关申请减免税优惠。主管税务机关一般采取前期备案，后期审核的工作方法。
围绕高新技术企业认定管理方法中的相关规定，企业需要同时附和管理方法中的相关条件，才可以享受高新技术企业所得税优惠。但因为这些条件的审核，首先由高新技术企业资格认定小组认定，即使认定小组也出具相关审核材料，但因为相关数据口径不统一，造成后期主管税务机关的审核与前期资格认定的内容不符。企业不附和管理方法中的相关条件，从而引起主管税务机关追缴企业前期享受的税收优惠。
因为高新资格认定条件量化不够严谨，弹性过大，考核口径不统一，主管税务机关审核部门对管理方法中的认定条件进行后期审核，由此会产生较大的争议，产生税收风险。
相关部门对认定条件和内容争议较大
一是核心自主的知识产权界定存在争议。
依据 高新技术企业认定管理方法第十条第一款的规定：在我国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，近三年内历经自主研发、受让、受赠、并购等方法，或历经5年以上的独占许可方法，对其主要商品（服务）的核心技术具有自主知识产权。该条规定中明确，历经5年以上的独占许可方法，对其主要商品（服务）的核心技术具有自主知识产权。该条款在实际工作中存在较大的争议。
一些企业的商品，存在多种技术并存的情形，而其中某些技术属于非独占许可。且这些非独占许可的技术在企业早期就已经存在。企业同一商品一直处于更新升级状态以适应市场的变化。这些变化的产生根源是企业技术和工艺的进步，这些技术和工艺也取得专利或非专利技术。那么对其主要商品核心技术如何界定，成为当前争议的焦点。
从时间判断，这些商品的基础技术产生于早期的非独占方法取得的“生产技术”，而后期持续进行的技术升级与前期的“基础技术”已经有了区别或根本性的区别。后期升级的技术也给企业产生了经济效益。那么这个核心技术是以哪个技术为主呢？在实际税收征管工作中，因为税务机关无法对核心技术准确定义，仅依据“高新企业认定小组”的批文作为享受税收优惠的依据。（评：税务机关对“技术”内容进行定义，是否越位行政？）在此情形下，容易产生理解上的差异，产生大的税收风险。
二是认定管理方法中，研发费内容与税务机关核定内容不统一，量化内容存在争议。
依据企业所得税法实施条例第九十三条和高新技术企业认定管理方法第十条，高新技术企业认定须同时满足多个条件。在这些条件中，企业研究开发费用占销售收入的比例不低于规定比例的条件是相对容易量化的指标，税务机关基本围绕这个指标内容的真实性判断开展审核。
按照 高新技术企业认定管理方法的要求，企业一般都尽量按照比例要求，进行研发费的归集。企业为了达到规定标准，尽力将其他支出，在研究开发费用会计科目归集。这些归集的费用在满足高新技术企业认定管理方法条件比例的同时，按照企业所得税规定定，研究开发费用还可以在企业所得税前加计50%进行扣除（非高新企业也可享受）。所以对于高新技术企业来讲，研发费加计扣除的审批与否，在肯定程度上，也将直接影响着高新技术企业优惠政策能否顺利实现。
按照逻辑关系，企业研究开发费用的真实性是企业享受高新税收优惠的前提。税务机关未同意加计扣除，讲明研发费扣除存在不附和相关规定的情形。假如税务机关的判断是正确的，这样的结果将直接影响企业研发费占收入总额的比例。
但当前的实际情形是，企业享受高新企业所得税优惠与部分研发费不能享受加计扣除税收优惠并存。之所以出现这样的矛盾，主要是在资格确认条件中，研发费的范围与加计扣除的研发费范围不一致，高新技术企业认定管理方法中的研究开发费用内容大于企业所得税法中可以加计扣除的研究开发费用的内容。大于加计扣除标准的研究开发费用部分，税务管理存在很大的难度，这点尚存在争议。因为研发费内容缺少量化的统一标准，高新企业后期税务管理也存在税收隐患。（评：两个不同口径的研发费用核算范围实在是有点认为增加执法难度了）
另外，企业研发费支出内容与企业商品常规性升级、设计等支出没有明确的界限，造成研发费内容过于宽泛。当前很多企业属于协作化生产企业，一般来讲，先有订单，后有针对性的工艺升级和设计。在设计和改造过程中有些可以形成专利技术或非专利技术。但多数情形下是属于按照商品特性进行有针对性的工艺和设计，这是否属于研发费用也存在争议。
在对 高新技术企业资格确认过程中，研发费范围应与企业所得税法的研发费内容相统一。税务机关对研发费相关内容的确认及加计扣除的审批程序，应作为高新技术企业资格的前置确认程序。这样才可以使企业规避税收风险，使企业更完整地享受国家给予的税收优惠。
