企业在申请认定高新技术企业时，要按照《工作指引》的要求向认定机构提交以下认定材料： （一）
高新技术企业认定申请书 《高新技术企业认定申请书》可从“高新技术企业认定管理工作网”下载获取。 （二）企业营业执照副本、税务登记证书（复印件）。 《认定方法》规定，注册时间一年以上的企业才可以申请认定高新技术企业，假如注册时间不到一年，则不能申请认定高新技术企业。 （三）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用、近一个会计年度高新技术商品（服务）收入专项审计报告。 （四）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）。 企业财务报表主要用于评价企业的成长性，肯定历经审计。已经历经年审的企业，可直接提供企业近三个会计年度的财务报表，不需要再选择新的中介机构重新进行审计。 （五）技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新商品或新技术证明（查新）材料、商品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
以上五方面的材料，是认定高新技术企业的重要依据。企业在申请认定高新技术企业之前，需要认真阅读和理解《认定方法》、《重点领域》和《工作指引》的有关要求，然后再着手打算认定材料。企业上报的认定材料肯定客观、准确、真实，如发现存在虚假行为，将取消其高新技术企业认定资格。
