一、检查部门 高企认定主管部门：科技、财政、税务部门，其他相关部门：环保、质量/安监、审计等部门。
二、检查要点 科技部门 1.技术领域是否属于管理方法或工作指引中的领域； 2.专利权属及专利时效确认； 3.主要商品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％； 4.申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比； 5.申报材料各项指标核对。
财政部门 1.每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行演变检查； 2.会计师事务所行业协会自律检查。
税务部门 1.申报材料与税务申报数据是否有冲突； 2.高企认定税收优惠备案检查； 3.研发费用加计扣除备案检查； 4.其他相关税务检查。
环保部门 1.是否存在环评风险； 2.是否存在严重环境违法行为。
质量/安监部门 是否存在重大质量、重大安全事故。
审计部门 1.针对行政公职人员渎职、受贿等违法行为的演变检查； 2.国有企业自身的定期审计检查。
三、企业备查材料 （1）知识产权证书； （2）科技成果转化证明材料； （3）研发活动证明材料； （4）研发费用明细账及相关凭证； （5）高新收入证明材料； （6）科技人员证明材料； （7）产学研合作证明材料； （8）检查部门要求的其他材料。
高新技术企业税收优惠资格有效期为三年，很多企业关注申报，忽略资格维持，从而带来潜在的税务风险。依据《高新技术企业认定管理方法》要求，“科技部、财政部、税务总局应建立随机抽查和重点检查机制，加强对各地高新技术企业认定管理工作的监督检查。”所以，企业不仅要关注认定时材料的打算，更应当关注资格维持，为期满后重新认定及后续也许面临的检查做好充分打算。
