一、高新企业资质弄虚作假 “伪高新”、“伪软件企业”的违法行为一旦东窗事发，不但要补缴巨额税款，日后的税收也将无法享受优惠。例如，东湖高新(600133)等企业在不附和高新技术企业条件的情形下，仍享税收优惠，后均被查处，并补缴税款。东湖高新公告称，审计署认定企业2007年不具备
高新技术企业认定条件，2008年、2009年高新技术商品收入占销售收入的比例均未达到60%的规定比例，不得享受高新技术企业所得税优惠政策，应补缴已享受优惠的减免的企业所得税税款。基于此，东湖高新已补缴2008年和2009年所得税税款1774.4万元及滞纳金490.27万元。
二、高新技术企业期满不复审、复审不合格、抽查不合格的，停止享受税收优惠 高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年，企业应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
高新技术企业复审须提交近三年开展研究开发等技术创新活动的报告，报送材料及程序按照首次认定的相关规定办理,历经复审的高新技术企业资格有效期仍为三年。 经济特区和上海浦东新区内新设高新技术企业，在按照规定享受过渡性税收优惠期间，因为复审或抽查不合格而不再具有高新技术企业资格的，从其不再具有高新技术企业资格年度起，停止享受过渡性税收优惠。以后再次被认定为高新技术企业的，不得继续享受或者重新享受过渡性税收优惠。
三、未办理高新技术企业税收优惠备案的，不得享受税收优惠 认定或复审合格的高新技术企业，可申请享受企业所得税优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，持有关证件及材料到主管税务机关进行备案后，方可按15%的税率进行所得税预缴申报。高新技术企业在进行复审期间，可在其高新技术资格有效期限内暂按15%的税率预缴当年企业所得税。《深圳市地方税务局关于印发〈企业所得税减免税备案管理工作规程(试行)〉的通知》(京地税企[2010]39号)中《企业所得税减免税备案管理工作规程(试行)》第六条第一款规定：列入事先备案的减免税项目，纳税人应向税务机关报送相关材料、提请备案，经税务机关登记备案后执行。对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠。第七条第八款规定，经认定的技术先进型服务企业为事先备案减免税项目。
四、减免税条件发生变化的，不再附和减税免税条件追缴税款 高新技术企业在实施税收优惠当年，减免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告;不再附和减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务.未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构进行复核，可暂停企业享受减免税优惠。高新技术企业每两年复审一次，凡经复查达不到高新技术标准的企业，不得继续享受高新技术企业的税收优惠政策
五、高新技术商品(服务)收入占企业当年总收入60%以下的，无缘享受优惠税率 高新技术商品(服务)收入是企业历经技术创新、开展研发活动，形成附和《重点领域》要求的商品(服务)收入与技术性收入的总和。技术性收入主要包括以下几个部分：技术转让收入、技术承包收入、技术服务收入、接受委托科研收入。对于未经认定的高新技术商品(服务)收入,不得合并计算在内。高新技术商品(服务)收入比例占企业当年总收入的60%以上，是高新技术企业认定条件之一;假如企业高新技术商品(服务)收入占企业当年总收入比例低于这个标准，则无法获取高新技术企业的认定，也不能享受高新技术企业减按15%的税率征收企业所得税的优惠政策。
六、研发费用低于规定标准的，不能享受企业所得税优惠政策 研发费用不得低于《高新技术企业认定管理方法》所规定的标准，即：1.近期一年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于6%;2.近期一年销售收入在5000万元至20，000万元的企业，比例不低于4%;3.近期一年销售收入在20，000万元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在我国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。而有些企业取得的知识产权在企业实际经营中很少使用，不具备高新认定管理方法所要求的“核心性”。在实务中，很多上市企业知识产权与主业关联性不大，有些企业取得的知识产权在企业实际经营中很少使用，不具备高新认定管理方法所要求的“核心性”，单从数量上来看可以附和高新技术企业的要求，但核心知识产权与业务的关联性不足，会带来很大的风险。近期发生一些上市企业因核心知识产权与主营业务没有相关性而被撤销高新资格。
